PEMODELAN STRUKTUR TIGA DIMENSI ENZIM ANTIOKSIDAN MENGGUNAKAN WEB SERVER SWISS-MODEL DAN PHYRE2

Penentuan struktur tiga dimensi (3D) protein menggunakan instrumentasi laboratorium difraksi sinar-X, Nuclear Magnetic Resonance (NMR) dan mikroskop elektron membutuhkan waktu lama dan biaya mahal. Metode in silico, homology modeling dan fold recognition adalah cara alternatif untuk memprediksi struktur tiga dimensi protein. Kajian ini bertujuan memprediksi model struktur tiga dimensi enzim catalase (CAT) dengan metode homologi modeling dan superoxide dismutase (SOD) dengan metode fold recognition pada tanaman padi (Oryza sativa). Pemodelan menggunakan web server Swiss-Model dan Phyre². Sekuen CAT didapat dari database NCBI dengan kode asesi AKO90140 dan SOD didapat dari database UniProt KB dengan kode asesi A0A6F8FUX1. Hasil penelitian menunjukkan bahwa model CAT memiliki template dengan kode 4qol.1.A, dimana persentase identity sebesar 1,36%.  Evaluasi model CAT pada web server menunjukkan bahwa model yang dibangun bernilai baik. Validasi model CAT dengan Procheck mengidentifikasi bahwa model juga bernilai baik. Model SOD pada Phyre2 mempunyai template c1unfX, dimana nilai coverage 80%, nilai confidence 100% dan identity 51%. Evaluasi model SOD pada web server didapatkan model yang baik. Validasi model dengan Procheck menunjukkan daerah most favored pada Ramachandran Plot sebesar 87,8% dan daerah yang disallowed sebesar 1,1%. Model SOD yang dibangun adalah model yang bernilai baik.